専任教職員等の年間給与費が一定の基準額を超える場合、私立大学等経常費補助金では既定の算出方法による減額措置が講じられることになっています。一部の特別招聘教員及び役員は該当しませんが、原則「専任教員等；1,600万円」、「専任職員；1,200万円」、「役員（専任教職員として支給された額含む）；1,800万円」を超える高額給与者が対象となります。この高額給与者に関する申請誤りによって過大交付が生じた事例が平成3年度会計検査院決算検査では「不当事項」として下記の通り報告されています。
【私立大学等経常費補助金の経理が不当と認められるもの】
事業主体：学校法人B
年度：平成3年度
補助金交付額：525,809千円
不当と認める補助金額：2,685千円
上記の学校法人は、財団に提出した資料に、B大学に所属する平成3年10月末日現在の補助金の額の算定の対象となる専任教員等の数を150人(うち高額給与者1人)と記入していた。そして、財団では、この数値等に基づき、専任教員等給与費については高額給与者調整(3人減)を行い、補助対象となる専任教員等の数を147人とし、3年度の同学校法人に対する補助金を525,809,000円と算定していた。
しかし、上記の専任教員等150人には、補助金の額の算定の対象となる専任教員等の要件に該当する専任教員2人が含まれていなかった。そして、この2人は、いずれも高額給与者であって高額給与者調整の対象となる専任教員であった。
したがって、この2人を加えて算定すると、補助金の額の算定の対象となる専任教員等の数は152人となるが、高額給与者調整(7人減)後の補助対象となる専任教員等の数は145人となるため、補助金の基準額が減少するので、適正な補助金は523,124,000円となり、2,685,000円が過大に交付されていた。
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